CHAPTER ONE                                                                                                                  1

1.1       Introduction                                                                                                                1

CHAPTER TWO                                                                                                                 4

2.1       Determinants Of Antigenicity And Specificity In Immune Response For 

Protein Sequences                                                                                                       4

2.2       General Features Of Innate And Adaptive Immunity                                                           5

2.3       Antigen Recognition By T Lymphocytes                                                                   7

2.3.1    Class I MHC molecules                                                                                              8

2.3.2    Class II MHC molecules                                                                                             11

2.3.3    HLA-independent presentation of antigen                                                                 14

CHAPTER THREE                                                                                                             17

3.1       T Lymphocytes                                                                                                           17

3.1.1    T-cell development                                                                                                     17

3.1.2    T cell–antigen receptor complex                                                                                 19

3.1.3    T-cell subpopulations                                                                                                  20

3.1.4    Superantigens                                                                                                              21

3.2       B Lymphocytes                                                                                                           21

3.2.1    Establishment of the B-cell repertoire                                                            23

3.2.2    Isotype switching and affinity maturation                                                                 25

3.2.3    T cell–dependent B-cell responses                                                                              26

3.2.4    T cell–independent B-cell responses                                                                           27

CHAPTER FOUR                                                                                                                28

4.1       Genetics of antigen processing and presentation                                                        28

4.2       Mutant cell lines                                                                                                          28

4.3       TAP transporters                                                                                                         29

4.4       Natural mutants in TAP                                                                                              30

4.5       Proteasome components—LMPs                                                                                31

4.7       TAPASIN                                                                                                                   33

4.8       TAPBPR                                                                                                                     33

4.9       HLA-DM and DO                                                                                                      34

4.10     Haplotypes and linkage disequilibrium                                                                       35

4.11     Regulation of transcription and translation                                                                36

4.12     Bioinformatic analysis reveals new determinants of antigenic 14-3-3 proteins and 

a novel antifungal strategy                                                                                          38

CHAPTER FIVE                                                                                                                 39

5.0       Conclusion                                                                                                                  39

REFERENCES                                                                                                                    40